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Jedes Gewässer weist unterschiedliche charakteristische Merkmale auf – ein Gebirgsbach beispielsweise andere als ein Fluss im Flachland. Die WRRL teilt daher die Gewässer in Typen ein und bewertet ihren ökologischen Zustand anhand gewässertypspezifischer Pflanzen- und Tierarten. Hauptaugenmerk wird dabei auf die Vielfalt an Wasserpflanzen und -lebewesen gelegt.

Die Bewertung der Flüsse erfolgt innerhalb einer fünfstufigen Bewertungsskala: Klasse 1 entspricht dem sehr guten ökologischen Zustand eines Gewässers und stellt zugleich den Referenzwert dar. Klasse 2 (guter ökologischer Zustand) ist die Qualitätsvorgabe im Rahmen der WRRL.

Allgemein gilt: Je weniger die Gewässer und ihre Umgebung vom Menschen beeinflusst sind, desto besser ist ihr ökologischer Zustand. Folgende Faktoren prägen den Zustand der Oberflächengewässer in Österreich:

Veränderung der Gewässerstruktur

Stark verbaute Flusslandschaften bedeuten für viele Lebewesen einen großen Lebensraumverlust und tragen auch zu einem gestiegenen Hochwasserrisiko bei: Bei Hochwasser hat der Fluss zu wenig Platz, um sich auszubreiten. Die fehlende Ufervegetation kann die Wassermassen nicht aufnehmen.

Starke Abflussschwankungen

Kraftwerke verursachen in tiefer gelegenen Fliessgewässern zum Teil extreme Abflussschwankungen. Plötzliche künstliche Fluten in Folge der Stromproduktion reißen viele Flusslebewesen mit. Geht der Wasserstand ebenso plötzlich wieder zurück, stranden die Wasserorganismen auf Sand- und Schotterbänken und im Uferbereich.