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Um die Artenvielfalt an Pflanzen und Tieren in und an der Großen Mühl zu erreichen bzw. zu erhalten, ist die Durchgängigkeit des Flusses das oberste Ziel: Ungenutzte Querbauten sollen entfernt werden. Für Querbauwerke, die noch in Betrieb sind, sind Fischaufstiegshilfen geplant.

Mit der geplanten Längswanderung von der Donau bis zum Ursprung im Böhmerwald könnten sich möglicherweise auch wieder Huchen in der Großen Mühl ansiedeln. Dieser Fisch ist ursprünglich in der Donau und in vielen ihrer Nebenflüsse zuhause, allerdings ist er stark vom Aussterben bedroht. Aus der Großen Mühl verschwand der Huchen zu Beginn des 20. Jahrhunderts – schuld daran sind vor allem die Wehranlagen im Mündungsbereich, die mit einem Höhenunterschied von bis zu zwei Metern ein unpassierbares Hindernis für den Huchen darstellen.